Annello virus tipper jeg der er få som har hørt om. I denne pre printen demonstrerte de tilsvarende performance som AAV9.

Det er kanskje fler som har hørt om Ring Therapeutics (meg selv er en av dem)

Men alle har vel fått med seg M-SAN? Hvis ikke, kan du lære mer om tre ting samtidig med å lese mer her:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.27.586964v1.full

#annellovector
#M-SAN
#Ring Therapeutics

Jeg måtte dra litt på smilebåndet når jeg fant denne patentsøknaden. En metode for å påvise biologiske stridsmidler er det ikke så ofte man snubler over, men i dag var altså dagen. Og det minner meg om at Jethro nevnte noe om det, men om det var dette han siktet til, det er slett ikke sikkert. Det som imidlertid er sikkert er at de beskriver bruk av dsDNAse.

Firmaet patentet er registrert på, Path Spray LTD, er så hemmelig at jeg ikke finner noen hjemmeside. Men jeg finner dem i den britiske varianten av Brønnøysund registrene 🤭

#dsdnase
#ABC

https://www.sumobrain.com/patents/wipo/Compositions-detecting-biological-agents/WO2024074847A1.html

Igjen skulle jeg ønske jeg hadde tilgang til et universitetsbibliotek…. For da hadde jeg finlest denne e-boken:

https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-28489-2#page=136

Siden jeg ikke har det, får jeg nøye meg med vignetten fra Google:

… Recovery during the lysis step can be improved by the addition of a salt-tolerant nuclease (ArcticZymes Technologies SAN HQ). This enzyme is active at high salt …

Ikke imponert enda? To av forfatterne er fra Boehringer Ingelheim, en fra Boehringer Ingelheim/viratherapeutics og en fra ingen ringere enn Hoffmann LaRoche.

10x genomics er en gammel kjenning og har en rekke patent der de bruker ulike AZT produkt. De har publisert patent med samme tittel tidligere. Men her nevner de ArcticZymes proteinase 25 ganger mot 17 ganger tidligere. Om det er det samme er jeg slett ikke sikker på, til tross for at tittelen er den samme. Uansett, de er glad i Proteinasen 🤗

#Proteinase
#10x genomics

https://www.sumobrain.com/patents/usapp/Compositions-methods-using-fixed-biological/20240125772.html

En ting til. 10x er et spennende selskap. De taper penger som en full sjømann, men det er absolutt verdt å se på hva de surrer med. Og verdien er omtrent 20 ganger AZT for tiden 🙄

https://s28.q4cdn.com/592666581/files/doc_presentations/2024/01/2024-TXG-JPM-Healthcare-Presentation-vF.pdf

DNAe diagnostics har jeg dekt tidligere i denne tråden. Og i dag dukket det opp en ny patent søknad fra dem. Denne gang handler det om Clonal Amplification, som er tittelen på papiret. Også her beskriver de bruk av ISOPOL BST+.

#DNAe diagnostics
#Isopol

https://www.sumobrain.com/patents/wipo/Clonal-amplification/WO2024084249A1.html

Addendum:
Jeg måtte repetere litt om hva som skjedde sist kvartal og boooom, så så jeg hvor denne opplysningen hører hjemme. Slå opp på slide 14 i presentasjonen så finner du den nederst i Høyre hjørne. Stikkord: clonal amplification.

https://assets-global.website-files.com/64c25a874bf82d94feb670d6/65bf948c62ed5413a329c8bb_2023-Q4-results-AZT-presentation.pdf

En liten preprint fra et up-and-coming selskap kalt Ultragenyx. De var såpass interessant jeg ble sittende og lese pipeline og regnskap.

#SAN
#AAV

https://www.cell.com/molecular-therapy-family/methods/pdf/S2329-0501(24)00082-2.pdf

https://www.ultragenyx.com/

En Orginal JosefK investigation.

1. Benjamin E Deverman. Merk dere det navnet. Dere kan lese om han hos arbeidsgiveren her: https://www.broadinstitute.org/bios/ben-deverman

Ben spesialiserer seg på AAV vektorer beregnet på å penetrere blod-hjerne barrieren. Og de som har lest mine tidligere tråder om Broad institute vil vite at de digger å bruke SAN. Det kan alle teste vet å Google: Benjamin E Deverman “salt active nuclease” Masse Treff.

2. Det neste dere kan merke dere er Voyager Therapeutics.

Her kan man egentlig bare la Google gjøre jobben Google: Benjamin E Deverman “voyager therapeutics” igjen, Masse treff. Bl a dette:

«Recently, the company announced the publication from the California Institute of Technology (Caltech) in Nature Neuroscience of new preclinical data from ongoing efforts of Dr. Benjamin Deverman, Professor Viviana Gradinaru and the Gradinaru Laboratory at Caltech to develop novel AAV capsids that efficiently cross the blood-brain barrier and widely transduce, or transfer, genes into the CNS after intravenous administration. From these efforts, a new, second-generation AAV capsid provided up to a 100-fold increase in the transduction of the CNS in an adult mouse model over the historical standard, AAV9, as compared with the first-generation capsid reported last year by the Gradinaru group that provided a more than 40-fold improvement over AAV9. Key translational studies in non-human primates are underway by Voyager to evaluate these AAV-variant capsids that have the potential to transform our ability to deliver gene therapies to the CNS. Voyager obtained a co-exclusive license to the Caltech novel AAV capsids, intellectual property and related technology in September 2016. The license agreement covers all fields of use and includes novel AAV capsids that have demonstrated enhanced crossing of the blood-brain barrier for the potential treatment of CNS diseases following systemic administration of an AAV gene therapy vector.»

https://ir.voyagertherapeutics.com/node/7836/html

«Competing Interests
B.D. (Benjamin Deverman, min anmerkning) and K.C. are inventors on patents related to the AAV-PHP.B vectors filed by the California Institute of Technology; a provisional patent application related to this work controlled by the Broad Institute has been filed; B.D. is a consultant for Voyager Therapeutics and a member of the Scientific Advisory Board for Tevard Therapeutics. All other authors declare no competing interests. This does not alter our adherence to PLOS ONE policies on sharing data and materials.»

https://journals.plos.org/plosone/article/authors?id=10.1371/journal.pone.0225206

Man finner en lang rekke andre ting også. Patenter, forskningsartikler og sikkert masse mer. Jeg ble litt skuffet over at han ikke har fått en plass i scientific advisory board, men det kommer vel med tid og stunder.

3. slå opp på LinkedIn på vår CEOs profil (Michael AKoh)

Kikk på aktiviteten hans og finn posten han likte fra Voyager Therapeutics. Det omhandler oppstart av en studie med antistoffer mot TAU proteiner (som de finner ved demens). Full release her: https://ir.voyagertherapeutics.com/news-releases/news-release-details/voyager-therapeutics-announces-first-participants-dosed-single

4. Jeg er villig å vedde mye på at det ikke er tilfeldig at oppdragsforskeren Deverman som digger SAN med stor sannsynlighet har ledet meg til enda en ny AZT kunde, Voyager Therapeutics. Men det er Michael som på diskret vis trigget meg til å skrive det ned.

——

Jeg har for lengst sluttet å tro på tilfeldigheter.

I tillegg er jeg forbløffet over at Benjamin allerede i 2017 havnet på radaren til Voyager. Til orientering, ble SAN lansert i 2016. Så her er det pionerarbeid som endelig blir til noe.

Voyager spesialiserer seg på nevrologiske sykdommer. Og en av de tingene som trigger meg er at de har utlisensiert et capsid til Novartis. Om det er samme capsidet Deverman har jobbet med får bli det neste man får forsøke å finne ut av.

https://www.voyagertherapeutics.com/

Sino biologics er på handletur i Canada. Et lite selskap jeg ikke har hørt om før.

https://www.yicaiglobal.com/news/chinas-sino-biological-to-buy-canadas-signalchem-biotech-for-up-to-usd48-million

🤗🤭

Holy Diver 🤟🏻🤘🏻

Det er rimelig spesielt å sitte og lese om AZT og metodikk for å detektere kreft i magen og så dukker Ronnie james DIO opp… 👊🏻

Men det gjorde det altså her. Studien har nemlig fått støtte fra Ronnie James Dio Stand Up and Shout Cancer Fund. Litt spesielt. Jeg har faktisk sett DIO med Heaven and Hell (Toni Iommi). Men det begynner det å bli lenge siden. Jeg syntes bare det var litt sprøtt.

Studien brukte forresten DSDNASE og ble ansett for å være lovende. Og ser ut til å være et samarbeid mellom koreanske og amerikanske forskere.

https://link.springer.com/article/10.1186/s40364-023-00524-2

Univercells husker nok mange av dere. Men Jeg kan ikke huske å ha funnet SAN i direkte tilknytning til dem tidligere. Unntaket er Exothera som så vidt jeg har skjønt er et underbruk. Men jeg kom over dette dokumentet i dag som har en skrivefeil som gjør at det unngår søk med mitt vanligste søk. Så der har vi endelig en direkte påvisning.

#SAN HQ
#Univercells

https://www.sumobrain.com/patents/wipo/Systems-methods-recovering-target-biomolecules/WO2024105226A2.html

En preprint fra Boehringer Ingelheim.

#SAN

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2024/05/30/2024.05.27.594700.full.pdf

Influensa vaksine produsert med M-SAN? Ja, sier disse forskerne. En nokså kompleks artikkel som skiller seg fra de normale virus vektor prosjektene jeg har lest hundrevis av. Her bruker de en virus-lik partikkel som vektor. Og i dette tilfellet er det et HIV virus som har stått modell.

#M-SAN
#influensa vaksine

https://www.frontiersin.org/journals/immunology/articles/10.3389/fimmu.2024.1425842/full

Rester av DNA fra produksjonssystemet var én av hovedårsakene til de alvorlige bivirkningene av mRNA-vaksinene, i tillegg til at spike-proteinet som virus-mRNA gir opphav til i kroppen, i seg selv er toksisk. Jeg er overbevist om at man før eller siden vil måtte gå bort fra bruken av mRNA-vaksiner på grunn av uforutsigelige bivirkninger. Men det er vanskelig på grunn av all prestisjen blant de ansvarlige for lanseringen av disse vaksinene og de enorme pengebeløpene som er lagt ned i produksjonsanlegg i mange land. Men uansett hva utfallet blir, er det tvingende nødvendig å unngå kontaminasjon av DNA. Til det formålet er SAN uovertruffet. Influensa-vaksinen som er beskrevet i artikkelen, er etter mitt skjønn uovertruffen og der har de benyttet SAN for å fjerne DNA, og skriver: "For removal of host cell DNA, a medium-salt active nuclease (M-SAN; ArticZymes) treatment was performed (31) according to the manufacturer’s instructions". Men innen denne kommersielle sektoren (den farmasøytiske) er det ikke fornuftige og medisinsk ansvarlige regler som nødvendigvis vinner fram

For en bra dag for vitenskap! En lliten preprint fra Boehringer Ingelheim er verdt å dvele litt ved. Den holdt på å forsvinne inn i glemselen på grunn av en noe rotete webdesign hos Science direct. Men her er det ting å bite seg merke i.

«Our results demonstrate that insertion of miRNA target sites into the 3’-untranslated region (UTR) of the transgene and simultaneous expression of the corresponding miRNA from the 3’-UTR of conventional AAV production plasmids (rep/cap, pHelper) enabled efficient silencing of toxic transgene expression, thereby increasing AAV vector yields up to 240-fold. This strategy not only allows to maintain the traditional triple-transfection protocol, but also represents a universally applicable approach to suppress toxic transgenes, thereby boosting vector yields with so far unprecedented efficiency.»

Det er en munnfull, men på meg virker 240x å være et realt gjennombrudd for å si det på godt norsk.

Ellers er det verdt å merke seg at denne gangen har de kjøpt SAN direkte fra AZ, i motsetning til tidligere da de har kjøpt vis Serva Electrophoresis. DET er en utvikling jeg liker.

Det er en ting til med denne preprinten som tyder på at Boehringer legger vekt på resultatet. Den skal nemlig publiseres i Cell. For hva det er verdt.

https://pdf.sciencedirectassets.com/315509/AIP/1-s2.0-S2329050124000962/main.pdf?X-Amz-Security-Token=IQoJb3JpZ2luX2VjEGoaCXVzLWVhc3QtMSJIMEYCIQDeHt5nh8BjhMx5vF7f0YPJlEDkDRmGhfpVLZBkRieerAIhAJaytmdbOL%2ByT9ERknlH3moBw922l4DoydqTJyavBKbFKrMFCBMQBRoMMDU5MDAzNTQ2ODY1Igwr7jxECDf%2FRoxTrBwqkAWUncnif%2BarNR6oWHnpZq9eRNkrICb0D8y0u5BFi2vxlb8zZTvZaHoCNuOLNwbfqfEcqJgY8BSHIb4FJZvHlkb5N990WNF8Cg%2FQbXtTblMx7RPNyjDvkXH9zQ2qNvxH3Hm4398Jx09eMfzTWAVkksvYSEXtEQHMayQewPZPd7xALFUDn8dAOwTjQt3guHEMfi9cGQTNk4nISYw1bMGFZP98AoeGMZDiWD98NZm2ZxAgPydT6rS08LuN%2FR%2BwtFpESJhG05II6jzPN7AFF%2FLNSKTzVL6P1zL1dqXxdST5X86BGzaFgGw4C8lqnX5HTYjIP0Buz5KYU0qM%2FXKnrmsDMp1eObL8RYSCMSwoDXo74ga7qND3%2BEm5j%2Fy975VV9cixg1jW87HTIHHYJ0UK1YnshOKFsLGOOzsp%2BryNgYQywqY0NBU4IU0MFTFIlfmoPWsITUhHX1288liLSg%2FrUOBsDrclS3NwAFr63agJpFCKOcVfk5%2F0r8%2B26In9dahjfBxNkmfJeApxz0TKpgZx5dJnEvmpUvt%2FhBS4gYD764QD%2B4g0ThyJldMmPbv4uMMRfDbmoTmy0qun9V8RLZLt9yzXbHgZNY7bj1xUun6dUEjSY%2FCfWBdkQ2DDBaJVeJHgKcBkY0O0ejCrGyOcEaZneoHpwaz9BqqcCmm0r8sEnzjO5YKWDuEHSqjrHZEU09kZ7%2Bvmej31juH7WWjAw08a4il1MvFtj2c1HQaezY6Qfl3MVNRy2x%2FRsSu7cwWMK4uM5BL22VLOxF8ntucqx8UarUSoDolouAmLFMDJK9hR2vVu0ngOHJCOVLI%2BR%2BORgl%2BsUuKuUJwY99eyT9yS92G%2F3ofehUtnxxGAVjeeem7iEikcaJt2ZTDUp8WzBjqwAcKd2oDvLToaaTcCcwlqaNd2oInhF0Oij%2FuFY4CQv6L8aoh%2F0tF4NVJwJTDNe%2FMaIK8TTGITcpmga1ttye56L%2FcqFE28BHZj0n601Vbnoy3VbLvOEtjxq79LmIWHkuGzND11b5srGFMrN%2FV0TBWKigxoaa9xG1rc3F0bgLQgpbpkoDpACg0PGgu0STXO%2FVF8OhcTtlpWHQyEA95mrCbqvfFhsZGDu2VvtACbujo5b3TI&X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Date=20240618T103616Z&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Credential=ASIAQ3PHCVTY5U7RKX6D%2F20240618%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Signature=4e7ac1511ca0296d61e3a8e6e419feb30874dbe13a5e562aae3f28cadb3925db&hash=477942f8490c38d995e8b9c2da054ddbe7cca4d08f3b4a341121609754bcb769&host=68042c943591013ac2b2430a89b270f6af2c76d8dfd086a07176afe7c76c2c61&pii=S2329050124000962&tid=spdf-5abe0be4-ad8f-42a0-ae17-81ef89c22e51&sid=20186532730f964ef29885e6e877632998cbgxrqa&type=client&tsoh=d3d3LnNjaWVuY2VkaXJlY3QuY29t&ua=14095d5b570205575d505d&rr=895aa3279db756cc&cc=no

Og så ansettes det litt. Godt.

https://www.finn.no/job/fulltime/ad.html?finnkode=358663101

Broad institute (se lengre opp 👆🏻 om Benjamin Deverman (som også har signert denne studien)). Studien omhandler såkalte Prion sykdommer (eksempelvis kreuzfeldt Jacobs syndrom). I en muse modell greide de å redusere misfolding av prion protein med 80%. Jeg holdt på å si som vanlig så gikk det med litt SAN til dette eksperimentet.

Dessverre ligger den bak betalingsmur, men jeg syntes det var såpass interessant at det hører hjemme her.

https://www.science.org/doi/10.1126/science.ado7082

Metagenomics er det lenge siden jeg har sett på. Og her er et veldig godt eksempel fra England. Det fine med den er at den er veldig instruktiv og har forbløffende gode resultater.

Noen av forfatterne er affiliert med Oxford Nanopore. Og for de som ikke liker å lese, HL-SAN er bidraget fra AZT 🤗

https://www.nature.com/articles/s43856-024-00554-3

Dette ser ut som mat for AZT…

https://ct.catapult.org.uk/news/cgt-catapult-establishes-consortium-to-improve-aav-formulation

Hvorfor?

Mrs. Sharon Brownlow: With a background in Biotech and extensive experience in the cell and gene therapy industry, Mrs. Brownlow is renowned for blending her scientific roots with entrepreneurial drive. Her proven track record includes senior commercial roles in Catapult and Cobra Biologics, where she effectively drove strategic business momentum and long-term revenue growth.

Sharon er nyvalgt i styret.

Det passer ellers inn i det Michael har kommunisert det siste halvåret.

Jeg skyter med hagle her og håper jeg treffer. Men det er litt for mye sammenfall av roller, timing og sånt til at man lar være å fyre av et skudd…

AZT er og har lenge vært å finne som samarbeidspartner i Catapult:

https://ct.catapult.org.uk/how-we-work/our-collaborators

En interessant Patentsøknad dukket opp på radaren min i dag. Dessverre er den uten figurer, så det er ikke så lett å se resultatet. Men de har brukt SAN og testet mot Benzonase spesielt, men de hinter også til andre endonukleaser.

Papiret er signert Lonza og de som ikke kjenner det igjen som verdens største CDMO (i hvert fall var de det🤭.)

#SAN #Lonza

https://www.sumobrain.com/patents/usapp/Process-preparing-extracellular-vesicles/20240241020.html

Ben Deverman (og Broad Institute) har jeg snakket om før. I den forbindelse var det AAV capsider for å trenge inn i sentralnerve systemet som var greia. I går landet denne artikkelen der de ved hjelp av maskinlæring har økt penetrering av lever med opp til 1000x.

Ben bruker fremdeles SAN.

https://www.nature.com/articles/s41467-024-50555-y

Illumina har levert tall. Og siden de sliter med Grail og store avskrivninger, er det ikke så interessant. Men når man ser på consumables (som er relevant for AZT) så øker det på. Og spesielt i den nye Novaseq X platformen som drar volum.

https://s24.q4cdn.com/526396163/files/doc_earnings/2024/q2/generic/Summary-of-Prepared-Remarks-2024-Q2.pdf

Jepp! Dette patentet ble publisert i dag. Den mystiske endoribonucleasen som har blitt omtalt under en arbeidstittel det siste året. Da er vi ett skritt nærmere launch tenker jeg 🤓

#ArcticZymes

https://www.sumobrain.com/patents/ep/Compositions-comprising-sequence-specific-endoribonuclease/EP4414460A1.ht

Endoribonucleases are a group of enzymes that cleaves internal phosphodiester bonds between adjacent nucleotides of RNA in either single-stranded RNAs or double-stranded RNAs depending on the enzyme. The endoribonuclease may be sequence specific (e.g. restriction endoribonucleases) or sequence independent.

A number of endoribonuclease enzymes are known, such as for example RNase H which is a family of sequence independent endoribonucleases that catalyse the cleavage of RNA in an RNA/DNA hybrid substrate.

Endoribonuclease enzymes have several applications within molecular biology research. For instance, removal of RNA in DNA extraction processes and recombinant protein purifications, cDNA synthesis, RNA fingerprinting, and detection of RNA modifications, e.g. 5'capping of mRNA.

Therapeutic RNA molecules such as mRNA molecules encoding antigens for vaccine production, represent an emerging class of drugs. Successful protein expression from transfected mRNA depends in addition to transfection efficiency also on mRNA stability and translation efficiency. 5'cap structure and 3' poly(A) tail are important features for obtaining high translation efficiency. Efficient methods for determining 5'capping efficiency of mRNA or other RNA modifications is therefore highly desirable.

Analytical methods such as gel electrophoresis, ion-pair reverse-phase high-performance liquid chromatography (IP RP HPLC) or mass spectrometry (MS) are commonly used for analysing RNA modifications.

However, identification of capping completeness of long RNA molecules, i.e. RNA molecules longer than 5-10 ribonucleotides is problematic because capping results in only a small shift in molecular weight of approximately 600 Da, which equals roughly to one ribonucleotide. Such small shift in molecular weight prevents a direct down-stream gel-based or mass spectrometry (MS) analysis of long mRNA molecules due to poor resolution.

Alternative capping molecules result in different products exhibiting only small shifts in molecular weight: e.g. Cap-1 or Cap-0, 5'-triphosphate, 5'-diphosphate, unmethylated G-cap, reverse cap.

In order to overcome the problem with poor resolution of existing current analytical tools, RNA samples and in particular samples comprising long RNA molecules need to be cleaved into shorter fragments before further analysis.

Today's standards for cleavage of RNA are endoribonuclease-based cleavage with either enzymes with high cutting frequency, such as RNase I, RNase H-based methods, ribozyme-based methods, or DNAzyme-based approaches.

Endoribonucleases with high cutting frequency like RNase I cleaves single stranded RNA after each G. Such enzymes are not optimal for certain RNA analysis methods since they lead to a high degree of fragmentation.

RNase H which cleaves a RNA/DNA hybrid is dependent on specific DNA-hybridization,

AU2016297778 , and RNase H-based methods have problems with unspecific and incomplete cleavage of target RNA even if the DNA probe is correctly hybridized. Therefor RNase H-based methods requires optimalisation of conditions for each hybridized RNA-DNA oligonucleotide pair in order to achieve complete and specific digestion of the RNA.

The Csy4 endoribonuclease is dependent on a guide RNA for recognition and cleavage of its RNA target sequence.

Just recently, ribozymes have been described to be applicable for sequence-specific cleavage of mRNA as well, Vlatkovic et al., Ribozyme assays for quantifying the capping efficiency of in vitro transcribed mRNA, Pharmaceutics 2022, vol.14, no.2, p.328 , and

WO2015101416 .

However, ribozymes rely of synthesis of ribonucleic acids and need to be used in 1-10-fold excess over the concentration of the substrate to be analysed. Ribozymes are catalytic RNA molecules and are thus more expensive to produce and also more challenging to work with due to lack of stability.

DNAzymes are DNA oligonucleotides with catalytic activity, similar to ribozymes. The most abundant class of deoxyribozymes are ribonucleases which catalyse cleavage of a ribonucleotide phosphodiester bond, Hengesbach, M. et al. Use of DNAzymes for site-specific analysis of ribonucleotide modification, RNA 2008, vol.14, no.1, p.180-187 .

Despite the existence of endoribonucleases there is a continued need for providing further endoribonucleases which permit efficient and simplified methods for RNA analysis or RNA synthesis that overcome one or more of the disadvantages of the endoribonucleases and the methods of prior art.

The inventors have surprisingly and for the first time shown that a sequence specific endoribonuclease ToxN from Type III toxin-antitoxin systems cleaves single stra