Hackingen var ifølge søksmålet et forsøk fra NSO Group på å skaffe tilgang til meldinger sendt av journalister, diplomater, menneskerettsaktivister, offentlige tjenestemenn og andre.
Facebook krever at NSO Group utestenges fra deres plattformer, samt erstatning for hackingen som har funnet sted, ifølge Reuters.
NSO Group har ennå ikke kommentert anklagene i søksmålet fra Facebook-eide WhatsApp.
Ifølge søksmålet, som er fremmed ved District Court i San Francisco, utnyttet NSO Group også en mangel i WhatsApps teknologi for videosamtaler til å kapre mobiltelefoner, noe som ble kjent i mai.
Det har tidligere ikke vært kjent hvem som sto bak hackingen, men WhatsApp-sjefen Will Cathcart skriver tirsdag i et innlegg i Washington Post at det var israelske NSO Group.
– Etter måneder med etterforskning kan vi nå si hvem som sto bak dette angrepet. Vi har i dag fremmet et søksmål ved en føderal domstol som forklarer hva som skjedde og som utpeker det internasjonale teknologiselskapet NSO Group som ansvarlige, skriver han.
– Selv om angrepet deres var svært sofistikert, var ikke forsøket deres på å skjule sporene like vellykket, skriver Cathcart.