Presidentens ordre ble offentliggjort lørdag.
Der framgår det at myndighetene nå trapper opp granskingen av forurensningen som miljømyndighetene sier har påvirket vannet langs kysten og dusinvis av strender.
Oljesølet har blant annet tatt livet av minst sju havskilpadder og tvunget badegjester og fiskere vekk fra forurensede områder.
Myndighetene sier de ikke har kunnet fastslå hvor oljen stammer fra.
Det statlige oljeselskapet Petrobras har utført en analyse og sier at råoljen ikke er den typen det produserer.
Bolsonaro har bedt om at instansene involvert i etterforskningen kommer med en foreløpig vurdering av situasjonen tidlig til uka.
(©NTB)