Stoltenberg ville ikke gå inn på detaljene i etterretningen som Nato sitter på.
– Det jeg kan si er at vi ikke har noen grunn til ikke å tro på meldingene som har kommet fra flere Nato-allierte, sa han på vei inn til EUs utenriksministermøte fredag.
Både Storbritannia og Canada har sagt at iransk luftforsvar skjøt ned flyet, men at det kan ha vært et uhell.
Tragedie
– Dette er en tragedie, og det er viktig å få alle fakta på bordet. Derfor er det viktig med en grundig og åpen undersøkelse, og vi håper Iran vil bidra til dette, sa Nato-sjefen, som også uttrykte sin kondolanse til alle som mistet noen i flystyrten onsdag.
EUs utenrikssjef Josep Borrell har kalt inn til fredagens ekstraordinære møte, der situasjonen i Irak, Iran og regionen for øvrig er hovedtema.
Stoltenberg er invitert for å redegjøre for situasjonen.
– De siste 48 timene har vi sett en reduksjon i spenningen, og det må vi bygge videre på. Ingen er tjent med en ny konflikt i Midtøsten, sa Stoltenberg.
– Mange verktøy
Nato-sjefen fikk også spørsmål om den amerikanske presidentens ønske om at Nato øker sin tilstedeværelse i Midtøsten.
– Vi har mange verktøy og har tidligere vist at vi kan gjøre mange forskjellige ting: diplomatisk og politisk arbeid, opplæring og kapasitetsbygging og militære operasjoner. Men jeg tror det er for tidlig å konkludere nå. Vi gjør allerede mye i kampen mot internasjonal terror, blant med opptrening av styrker i Afghanistan og Irak, forklarte Stoltenberg.
Han minnet også om at det ikke er opp til Nato alene hva alliansen skal foreta seg.
– Vi jobber sammen med land i regionen og er til stede etter invitasjon fra dem og i samråd med dem.
