Et flertall i parlamentet stemte torsdag for kravet.
Saken, som har fått klengenavnet «Piepergate», dreier seg om at von der Leyen nylig utnevnte partifellen Markus Pieper i det tyske partiet CDU til den godt betalte stillingen som utsending for små og mellomstore bedrifter (SME).
Dette til tross for at Pieper skal ha blitt rangert som nummer tre av kandidatene til jobben, bak to bedre kvalifiserte kvinner.
– Slik ville von der Leyens stilne en av sine største kritikere innen CDU-partiet, sier den tyske EU-parlamentarikeren Daniel Freund fra partiet De grønne til nyhetsbyrået AFP.
Vedtaket kommer på et mildt sagt uheldig tidspunkt for von der Leyen, som nå trapper opp sin kampanje for å bli gjenvalgt for en ny femårsperiode etter EU-valget i juni.
(NTB)