Blant de 379 var 367 av dem passasjerer, sier Japan Airlines.
Flyet ser ut til å ha kollidert med et fly operert av kystvakten. En av de som var om bord på dette flyet, skal ha kommet seg unna, melder den japanske kringkasteren NHK, mens ytterligere fem ikke er gjort rede for.
Japan Airlines opplyser videre at flyet som brenner, var flygning 516 fra Shin-Chitose-flyplassen i Hokkaido.
TV-bilder fra flyplassen viser et fly i full fyr mens brannmannskaper jobber med å slukke den kraftige brannen. En video fra flyplassen viser flyet som brast ut i flammer mens det skled nedover asfalten på rullebanen.
Alle rullebaner på Haneda-flyplassen er stengt. Kystvakten i Japan opplyser at de undersøker om det var deres fly som kolliderte med Japan Airlines-flyet.
Japan ble mandag rammet av et jordskjelv med en styrke på 7,5, og tirsdag blir det meldt om en rekke etterskjelv i landet, noe som har ført til ødeleggelser på bygninger og infrastruktur.
Haneda er en av de travleste flyplassene i Japan og har mange reisende i forbindelse med nyttårshelgen.
(NTB)
